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公开
法律状态公告日：2014-03-19
法律状态：公开
描述信息：公开
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申 请 号：CN201310629710
专利名称：基于转录组测序开发绿豆SSR引物的方法
专利权人：中国农业科学院作物科学研究所
交易方式：协议
参考价格： 面议
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| 名称： | 基于转录组测序开发绿豆SSR引物的方法 |
|---|---|
| 申请号： | CN201310629710 |
| 申请日期： | 2013-11-29 |
| 申请人： | 中国农业科学院作物科学研究所 |
| 发明人： | 陈红霖; 程须珍; 王素华; 王丽侠 |
| 地址： | 100081 北京市海淀区学院南路80号，资源北楼402 |
| 主分类号： | C12Q1/68 |
| 分类号： | C12Q1/68; C12N15/11 |
| 主权项： | 一种基于转录组测序开发绿豆SSR引物的方法，其特征在于，包括以下步骤：1）构建转录组文库：提取绿豆叶片总RNA，分离出mRNA，反转录并合成双链cDNA，纯化cDNA，在cDNA末端添加腺嘌呤核苷并连接测序接头，然后通过琼脂糖凝胶电泳回收200-700bp片段，对回收片段进行PCR扩增，即构建得到转录组文库；2）对上述转录组文库进行测序，利用软件Trinity将测序序列拼接成一个完整的转录组，取每条基因中最长的转录本作为Unigene，并对Unigene序列进行生物信息学分析；3）采用软件MISA1.0对上述Unigene进行SSR检测；4）采用软件Primer3进行SSR引物设计，并鉴定SSR引物的多态性。 |
| 摘要： | 本发明提供一种基于转录组测序开发绿豆SSR引物的方法，包括：获得绿豆全基因组转录本的集合，形成序列数据库；用Trinity将测序序列拼接成一个转录组，取每条基因中最长的转录本作为Unigene；Unigene序列生物信息学分析；采用MISA1.0对Unigene进行SSR检测；用Primer3进行SSR引物设计，并进行SSR引物多态性鉴定。应用本方法成功设计了13134对SSR引物，从中随机选取50对引物对来源于不同国家共8份绿豆DNA进行验证，其中多态引物共有32对，利用这32对SSR引物可以区分不同地理来源的绿豆材料。本发明方法方便、快捷、准确且成本低廉，为绿豆SSR引物开发提供了新思路。 |
| start date | end date | title | description | icon | date limit | importance | link | modal |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2014-03-19 | 公开 | js/timeglider/js/timeglider/icons/verticalLineGray.png | 50 | |||||
| 2014-04-16 | 实质审查的生效 | js/timeglider/js/timeglider/icons/verticalLineGray.png | 50 | |||||
| 2015-03-18 | 授权 | js/timeglider/js/timeglider/icons/verticalLineGray.png | 50 |
:( FILE: /home/ftp/1520/ipa361_com-20150420-MrH/ipa361.com/mapi/Application/Home/Controller/PraiseController.class.php LINE: 56 #0 /home/ftp/1520/ipa361_com-20150420-MrH/ipa361.com/mapi/Application/Home/Controller/PraiseController.class.php(56): Yar_Client->__call('theme_bar', Array) ThinkPHP3.2.3 { Fast & Simple OOP PHP Framework } -- [ WE CAN DO IT JUST THINK ]
curl exec failed 'Couldn't connect to server'
错误位置
TRACE
#1 /home/ftp/1520/ipa361_com-20150420-MrH/ipa361.com/mapi/Application/Home/Controller/PraiseController.class.php(56): Yar_Client->theme_bar('get_bar_id', Array)
#2 [internal function]: Home\Controller\PraiseController->get_bar_id_by_from_id()
#3 /home/ftp/1520/ipa361_com-20150420-MrH/ipa361.com/mapi/ThinkPHP/Library/Think/App.class.php(173): ReflectionMethod->invoke(Object(Home\Controller\PraiseController))
#4 /home/ftp/1520/ipa361_com-20150420-MrH/ipa361.com/mapi/ThinkPHP/Library/Think/App.class.php(110): Think\App::invokeAction(Object(Home\Controller\PraiseController), 'get_bar_id_by_f...')
#5 /home/ftp/1520/ipa361_com-20150420-MrH/ipa361.com/mapi/ThinkPHP/Library/Think/App.class.php(204): Think\App::exec()
#6 /home/ftp/1520/ipa361_com-20150420-MrH/ipa361.com/mapi/ThinkPHP/Library/Think/Think.class.php(120): Think\App::run()
#7 /home/ftp/1520/ipa361_com-20150420-MrH/ipa361.com/mapi/ThinkPHP/ThinkPHP.php(97): Think\Think::start()
#8 /home/ftp/1520/ipa361_com-20150420-MrH/ipa361.com/mapi/index.php(27): require('/home/ftp/1520/...')
#9 {main}
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